La Chiesa di San Giovanni dei Greci insieme a quella di San Pietro dei Greci (largo San Pietro) fu fondata da colonie di greci che si stanziarono a Martina presumibilmente durante il periodo angioino, integrandosi perfettamente con la popolazione autoctona che pian piano andava costituendo l’originario nucleo del Casale della Franca Martina. La struttura originaria, con buona probabilità risale al XIV secolo, e fu ampliamente rimaneggiata nel Seicento, quando precisamente nel 1628, per volontà dei Gesuiti fu istituita la Confraternita della Beata Vergine Assunta che provvide a costruire l’oratorio elevando il piano superiore. I lavori si conclusero nel 1636. Questa sopraelevazione modificò il prospetto originario della chiesa, pur tuttavia conservando l’originale struttura interna a pianta rettangolare. Sulla facciata al primo ordine si colloca un portale semplicissimo; al secondo ordine, spiccano la cornice mistilinea della finestra cieca centrale e le cornici mistilinee delle due finestre laterali, più piccole. La cimasa superiore è delimitata da un timpano che alterna le linee concave a quelle convesse con dei fiaccoloni in pietra dalle forme geometriche. Al centro del timpano, in un fornice, si apre una loggia con balaustra ospitante la campana. Sul portale laterale si colloca una scritta visibilissima: CONGREGA MARIA SS. ASSUNTA IN CIELO AD 29 06 1777, sotto un clipeo azzurro che fa da sfondo ad una stella bianca (simbolo della confraternita). La data fa riferimento al riconoscimento ufficiale, il cosiddetto Regio Assenso, che la congrega ebbe dal re Fernando IV Borbone.
All’interno si segnala un coro ligneo, inserito a metà altezza sulla parete di destra, e l’altare maggiore in pietra del XVIII secolo con la tela coeva del Santo Battista. Lateralmente si conserva la statua ottocentesca dell’Assunta realizzata da Leonardo Greco, scultore di Ostuni. Molte sono le peripezie e i miracoli attributi a questa statua. In realtà la statua scolpita da Greco giunse a Martina nel 1820 e negli anni precedenti i confratelli per adempiere ai riti religioso, specie le processioni nel mese di agosto, prendevano in prestito la statua dell’Assunta (opera attribuita a Nicola Fumo), che ancora oggi si venera nella chiesa di Sant’Antonio dei Cappuccini. Nel 1819 non fu più accordata questa disponibilità da parte della chiesa di Sant’Antonio dei Cappuccini e cosicché i confratelli decisero di commissionare un proprio simulacro allo scultore Leonardo Greco di Ostuni (figlio dello scultore che ha realizzato la statua di Sant’Oronzo sulla guglia ad Ostuni). La statua fu pronta per l’agosto del 1821 e ben 16 confratelli a piedi si recarono ad Ostuni per trasportarla a Martina Franca. Una faticaccia immensa se si pensa al peso della statua in legno e al caldo torrido e afoso di agosto. La statua giunse a Martina in tarda nottata e pare che il suo arrivo fu causa di diverse guarigioni e prodigi.
Agli inizi del Novecento la chiesa fu consacrata al culto del Cuore di Gesù e questo giustifica la presenza della tela sulla parete di sinistra. L’abito dei confratelli è caratterizzato da una tonaca bianca con mozzetta e scapolare celeste decorato da delle stelle. La confraternita è impegnata nei festeggiamenti solenni in onore nell’Assunta il 15 agosto.